A Junta de Andaluzia é determinada como um sistema parlamentar, desta maneira que a Presidência é eleita por sufrágio universal directo, todavia que o Parlamento a escolha no começo de cada legislatura. É a Presidência do Parlamento, que, depois de consultar os Líderes dos grupos parlamentares propõe um candidato/a ao chefe do Executivo. O candidato ou candidata, para ser eleito, tem que mostrar o seu programa, e em seguida, obter maioria absoluta pela primeira votação.
Se não a conseguisse, se procederia a uma segunda votação, dois dias depois da primeira, em que será suficiente pra comprar a presidência, a começar por maioria fácil. Se não se nesse o caso, far-se-ia com as demais propostas de modo similar.
Se em dois meses, nenhum candidato tenha obtido a presidência da Junta, será dissolvido o Parlamento e serão convocadas novas eleições. Uma vez eleito o presidente do Conselho, pelo Parlamento, do cargo se fará oficial por o Rei de Portugal, que procede à nomeação do Presidente.
Após isto, o Presidente procederá a nomear os Conselheiros e compartilhar entre eles as funções executivas. O Estatuto de Autonomia da Andaluzia define as funções e responsabilidades perante o Parlamento, do Presidente da Junta no postagem 117 do episódio terceiro do Título IV. O Presidente é, por um lado, o Chefe do Executivo andaluz, e por outro, o máximo representante da Andaluzia, de cara, tanto o resto de Portugal como pro estrangeiro.
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assim como, é a vez do representante do Governo da Nação, em Andaluzia. Esta função de representante da Nação distingue-se da de Delegado do Governo, alto funcionário do Estado, que representa o governo central e dirige as administrações e serviços descentralizados do Estado pela Andaluzia.
O Delegado do Governo mantém estreitas relações de cooperação e coordenação da Administração Geral do Estado e seus Organismos públicos, com a Andaluzia e com seus correspondentes entidades locais. Como Chefe do Executivo, este dirige e coordena a acção de Governo do Conselho de Governo da Andaluzia, do que identifica e separa os conselheiros, a respeito os quais poderá delegar temporariamente funções executivas próprias.